如果不定期清洗太阳能热水器，那么它里面就会积累很多水垢。而这些水垢中含有多种化学成分，长时间过后，水中的有害物质就会不断增加，可能会导致使用者皮肤过敏。另外，粘泥、微生物、在长时间的不断更新与交替反应中，也会生成很多有害物质，从而引发多种皮肤病。
方法1、将太阳能真空管拆下来，灌入适量白醋浸泡10分钟，接着用毛刷来回拉动除掉余下的水垢，然后再用清水冲洗即可。但需要注意的是，真空管十分易碎，一定要轻拿轻放。
方法2、如果真空管不方便拆卸，可以打开太阳能热水器的进水口，将白醋倒入存水箱内。接着让热水器自动循环20-30分钟，使白醋充分接触各部位，然后打开排水口，排干清洗过水垢的白醋。将水箱加满水后再次循环2分钟，排干循环水即可。
方法3、购买专用的太阳能除垢剂，将它与水按1:10的比例混合，配成清除液加入存水箱内。如果家里的热水器很长时间没有清洗，也可以直接倒入原液，浸泡5-15分钟便能瓦解水垢了。然后让其自动热循环20-30分钟，接着从排水口直接排干清洗液。打开进水口，加满水后再循环两分钟，排干后就完成清洗工作了。