分类
按年度分类：将档案按其形成的年度分开，不同年度的档案分别整理。这种方法适用于大多数档案，能保持档案在时间上的连续性。
按机构分类：按照档案形成的机构或部门进行分类，便于查找和利用与特定机构相关的档案。
按问题分类：根据档案所反映的主题或问题进行分类，能集中反映某一特定问题的相关档案。
按保管期限分类：将档案按规定的保管期限进行分类，如、长期、短期，以便于档案的鉴定和销毁。
实际操作中，通常采用复式分类法，如年度 - 机构、年度 - 问题等组合方式。
档案整理是一项细致且重要的工作，以下是一些注意事项：
保持档案的原始状态：在整理过程中，应尽可能保持档案的原始形成状态和历史联系，不随意更改档案的内容和顺序，确保档案的真实性和完整性。
分类准确：依据预先制定的分类方案，按照档案的形成规律、内容特点和管理要求进行分类。分类时要严格遵循分类标准，避免出现分类错误或交叉混乱的情况，确保同一类别的档案具有共同的属性和特征。
编号规范：档号的编制要遵循一定的规则和标准，具有性和稳定性。编号应简洁明了，易于识别和记忆，同时要确保编号在档案管理系统中能够准确对应相应的档案实体，方便档案的检索和利用。
保护档案实体：在整理过程中，要注意保护档案的纸张、字迹、图像等不受损坏。避免档案受到潮湿、灰尘、虫害、火灾等自然因素的影响，同时要轻拿轻放，防止人为的撕裂、污损等情况发生。对于破损或老化的档案，应及时进行修复和保护处理。
尊重档案的机密性：对于涉及机密的档案，要严格遵守保密制度，采取相应的保密措施。在整理过程中，确保档案不被无关人员查阅或泄露，档案的保管和利用也要按照保密规定进行操作。
数据录入准确：将档案信息录入电子目录或档案管理系统时，要保证数据的准确性和完整性。仔细核对每一项信息，避免出现录入错误或遗漏，确保电子目录与档案实体信息一致，以便于地检索和管理档案。
做好标识和标注：在档案盒、文件夹及档案本身等位置，要清晰、准确地标注档号、题名、年度等关键信息。标注应使用规范的字体和颜色，确保字迹清晰、持久，便于快速查找和识别档案。
定期复查：档案整理完成后，应定期进行复查，检查档案的分类、编号、装订等是否符合要求，档案实体是否有损坏或丢失等情况。如发现问题，要及时进行调整和处理，以保证档案整理工作的质量和档案的管理。
遵循相关标准和规范：档案整理工作要遵循国家和行业相关的标准和规范，如《归档文件整理规则》《机关档案工作条例》等。这些标准和规范对档案整理的各个环节都做出了明确规定，是确保档案整理工作规范化、标准化的重要依据。
建立索引和目录：为了方便档案的查询和利用，应建立完善的索引和目录体系。索引和目录应详细、准确地反映档案的内容和排列顺序，能够帮助使用者快速定位所需档案。同时，要根据档案的新增、变动情况及时更新索引和目录。
结合实际使用需求
满足利用者需求：考虑档案的主要利用者是谁，他们通常会以何种方式查找和使用档案。例如，对于企业的档案，财务人员可能需要按财务科目分类查找财务报表，销售人员可能更关注按客户或产品分类的销售记录。因此，在确定主题和分类标准时，要尽量满足不同利用者的需求，提案的利用效率。
便于检索和查询：分类标准应便于建立清晰的检索体系，使档案能够通过关键词、主题词等快速检索到。可以采用多级分类的方式，将大的主题进一步细分，每个类别都有明确的定义和范围，避免分类过于笼统或模糊，以便于准确地定位和查询档案。
保持一致性和灵活性
一致性：在整个档案整理过程中，要保持主题和分类标准的一致性，避免出现同一类档案在不同部分采用不同分类标准的情况。这有助于建立统一的档案管理体系，方便档案的管理和利用。
灵活性：虽然要保持一致性，但也不能过于僵化，要根据档案的实际情况和特殊需求，适当调整和灵活运用分类标准。对于一些难以准确归类的档案，可以设置 “其他” 类别作为兜底，但要尽量减少此类情况的出现，确保分类体系的科学性和合理性。